遊戲故事
故事發生在2004年，即「惡靈古堡2」六年後，由於各新聞媒體爭相報導Umbrella公司在拉昆市的地下研究所，製作的T病毒早前洩漏導致陷入生化的危機。連串的負面新聞導致公司股票價格筆直暴跌。美國聯邦政府在各國政府的壓力下暫停Umbrella公司的業務，其後公司便宣告破產，所有地下研究中斷，T病毒的傳播得以停止。
里昂在村莊的房間救出了一個男子路易斯·塞拉（Luis Sera），從他口中得知愛西莉正在被關在村內的教堂二樓，就是這個時候村長比雷斯·曼迪斯（Bitores Mendes）出現，里昂跟村長交手可謂不堪一擊，里昂及路易斯都被擊暈了。同時，奧斯蒙出現，並且在里昂身上注射了寄生體「Las Plagas」。Las Plagas為一種寄生生物，可導致宿主變異，並被特殊的超聲波／次聲波控制。第一代需要注射卵，而第二代可直接從消化道植入成蟲。
里昂醒過來的時候在山谷的另一邊，他跟路易斯避開村民的襲擊後，路易士便獨自逃去。里昂回到村莊的教堂救出了愛西莉，並且利用強大武器擊倒了村長，於是離開村莊，一心等待美國聯邦政府派來的直昇機，但是大量村民趕到，於是里昂帶著艾西莉進了一座城堡。
里昂跟愛西莉遇上了堡主雷蒙·薩拉哲（Ramon Salazar），堡主在地下礦場利用村民發掘寄生體Las Plagas並且供給Los Illuminados。在這期間，路易斯找到了能夠協助里昂及愛西莉解開身上的寄生體的藥物及寄生體樣本，原來他曾經是Los Illuminados的研究員，然而奧斯蒙·薩德拉卻在關鍵時刻出現奪走了樣本，並把路易斯殺害。其後里昂重遇了艾達·王，他在「惡靈古堡2」後已經得知艾達是威斯卡（Albert Wesker）派來的間諜，所以他對艾達的再次出現充滿懷疑，但被艾達逃去。里昂始終很關心這個埋藏在心中的女子。愛西莉被拉蒙捉了及送到遙遠的有軍事設施的孤島後，里昂擊倒了拉蒙後再次遇上艾達，艾達詢問英俊的里昂需不需要送他一程，里昂以尷尬的表情回答。
里昂在孤島上重遇據報在兩年前直昇機失事死亡的戰友傑克·克勞瑟（Jack Krauser）。原本他是Umbrella公司的威斯卡派來到這裡做臥底。
里昂成功搶救了愛西莉並且逃脫。但是，艾達成功奪取了Las Plagas樣品，可能使Umbrella公司勢力再起。
敵人
「惡靈古堡4」不再以喪屍作為主要敵人（此改動受到傳統玩家的反對），與過往的系列完全不同。反而，主要敵人是「Ganados」（西班牙語中為「家畜」之意），他們與普通人無異（比較愚蠢和遲鈍），Ganados能揮動武器和火器和互相配合地攻擊玩家。此一舉動讓傳統玩家認為惡靈古堡4已經不是驚悚遊戲，而是一種另類的動作冒險遊戲
Ganados是被Las Plagas寄生體入侵的人，由薩拉哲家族大批生產，賠償由於薩拉哲家族先代迫害Los Illuminados教派的罪行。離開遊戲系列而言，「聰明的喪屍」概念早先已在小說惡靈古堡：卡利班海灣出現。
除此之外，在遊戲中還有各種由人改造而成的各種怪物。他們將擁有各種特殊的能力來和玩家對抗。
